В октябре-декабре 2006 года в рамках программы регионального развития компания «Фармакор» открыла 19 филиалов в крупных региональных городах России.
В их числе: Петрозаводск, Псков, Сыктывкар, Курск, Брянск, Киров, Пермь, Ижевск, Смоленск, Орел, Воронеж, Липецк, Ростов-на-Дону, Воронеж, Чебоксары и Уфа. Компания планирует открыть на базе каждого из региональных филиалов от 3 до 5 аптек.
В филиалах Петрозаводска и Пскова уже успешно функционируют 4 аптеки. В первом квартале 2007 года общее количество аптек сети «Фармакор» увеличится до 240, а к концу года достигнет 300 торговых точек.